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L’euforia e l’entusiasmo sono però tutto a un tratto interrotti dall’avvento della Prima Guerra Mondiale e l’attività musicale della Banda si ferma per quattro anni.
Nel novembre del 1918, non appena si sparge la voce che è tornata la pace, gli allievi di Fausto De Camilli, che hanno evitato la chiamata alle armi per la giovane età, percorrono le vie del paese suonando inni patriottici. Alcuni musicanti sono purtroppo morti in guerra, altri sono tornati mutilati o invalidi, ma il gruppetto dei superstiti non si abbatte e decide di ricominciare da capo con lo stesso entusiasmo delle origini ricostruendo nel 1919 la scuola degli allievi.
Tuttavia qualcosa in Italia sta nuovamente cambiando… l’avvento del fascismo segna l’inizio di un’altra epoca di profonde trasformazioni sociali.
Nel 1929 arriva da Roma l’ordine che i tre Comuni di Comerio, Barasso e Luvinate devono essere fusi in un solo comune con denominazione “Comerio”. Essendo ancora vivi l’amore per il proprio campanile e l’orgoglio di appartenere al paese, la decisione non è delle più semplici da attuare. Di lì a non molto la nuova amministrazione comunale unifica le Bande dei due paesi vicini e fa capire a Fausto De Camilli, uomo di chiare idee antifasciste, che non deve più occuparsi della Banda. La protesta dei musicanti di Comerio è immediata: nella notte vengono nascosti gli strumenti nella cascina di Alterio Binda e nessuno di loro si presenta per far parte della nuova Banda. Così a Comerio anche la musica, come altre attività, diventa clandestina.
Grazie alla figura di Luigi Civelli, gerarca fascista, più legato alla tradizione del paese che ai principi del partito, nel 1931-32 si riesce a trovare una scappatoia: il corpo bandistico viene convertito in Fanfara degli Alpini per la provincia di Varese.
Nel 1935 muore Fausto De Camilli, fondatore ed animatore per tanti anni della banda. La responsabilità di mantenere in vita il corpo musicale passa nelle mani del Maestro Giuseppe Vanoli che, dopo il secondo conflitto mondiale, in collaborazione con Luigi Formoso e Angelo Ossola, riesce a realizzare un corpo bandistico all’avanguardia. Il vuoto lasciato dal Fondatore viene colmato dal figlio Elmo, esperto suonatore di corno, tesoriere e per lungo tempo anima della banda.